对菌斑或菌落进行原位分子杂交是从基因组文库、cDNA文库或重组质粒中筛选目的基因的最有效的方法之一，而且这种筛选不取决于目的基因是否表达。
进行原位杂交时，先将含重组质粒或重组噬菌体的细菌生长在琼脂平板上，形成单菌落或噬菌斑，再把圆型硝酸纤维膜或尼龙膜覆盖于长有菌落或噬菌斑的琼脂平板的表面，定好位，把膜轻轻揭起，这样就有部分细菌或噬菌体吸附于膜上，再用碱处理膜上的DNA，使之变性。烘干固定DNA，然后用32P或其它标记物标记的DNA或RNA探针杂交、洗膜、用X光片曝光。凡是含有与探针DNA互补序列的菌落或噬菌斑，在显影后，会在X光片上产生阳性斑点。然后根据斑点在平板上的相应位置，找出阳性克隆。
