误区一：自主创新意味着从头到尾一切都要自己做。我们强调自主，是强调在创新过程中要发挥自己的力量。但并非排斥合作，也没有说所有技术100%都要拥有自主知识产权，所提倡的是一种开放状态下的创新。企业自己力量不足，可以委托学校、研究所甚至其他企业，包括国外企业去开发。企业做为总体单位去集成，主导这一成果的应用，这也是自主创新。
误区二：自主创新仅仅是科技工作者的责任。自主创新不仅仅是科技工作者的使命，而且需要构建全社会支持创新的环境。胡锦涛总书记在全国科学技术大会上指出：“建设创新型国家是时代赋予我们的光荣使命，是我们这一代人必须承担的历史责任。”
误区三：创新是生产企业的孤立行为。创新的前提是应用，创新后没有市场、没有应用，创新还有何价值？自主创新更应该强调产、学、研、用的结合。但目前，往往技术研发者本身不具有掌握市场的能力，而掌握应用权力的部门或企业，却把自己置身于支持创新之外。自主创新的技术要想得到成功应用，产业链的上下游及市场各方面都要给予大力支持。
误区四：我们自主创新的设备没有国外的好。我们承认，由于起步较晚，一些自主创新技术或产品和国外相比的确还有差距。但是，如果我们自己都不给自己信心，这种创新技术和产品就永远不会成熟。
误区五：企业是技术创新的主体，政府不用干预。我们强调企业成为自主创新的主体，但由于各种原因，目前许多企业并没有形成独立的创新行为。在这种情况下，政府就要发挥主导作用，以市场为纽带，推动产学研用结合及企业间的合作。
