RNA分子的结构以单链为主，有别于DNA的双链结构。
（1）信使RNA（mRNA.：
1）5’端的帽子结构：真核生物的成熟mRNA的5’端常以7-甲基鸟嘌呤和三磷酸鸟苷为分子的起始结构，如m7GpppG…。
2）3’末端附有一段长短不一的多聚腺苷酸（polyA.尾，如m7GpppG…AAA…AAA，一般由数十个至100多个腺苷酸连接而成，称为多聚A尾。随着mRNA存在的时间延续，多聚A尾会缓慢变短。目前认为它可能与增加mRNA的转录活性，维持mRNA的稳定和对翻译起始的调控有关。生物体内，mRNA分子的长短，可决定其要翻译出的蛋白质的相对分子质量大小，在各种RNA中，mRNA的寿命最短，当它完成了功能后即被降解消失。
3）mRNA的功能，是将细胞核内DNA携有遗传信息的碱基顺序，按碱基互补的原则，抄录并转送到胞质的核糖体，以决定蛋白质合成的氨基酸序列。mRNA分子上每3个核苷酸为一组，决定多肽链上的一个氨基酸，称为三联体密码或遗传密码。如phe的一个遗传密码是UUC。大多数氨基酸具有2个以上的遗传密码。
（2）转运RNA（tRNA.：属细胞内相对分子质量最小的一类核酸，已测定其一级结构的tRNA共100多种，由70～90多个核苷酸组成，含10%～20%的稀有碱基，如双氢尿嘧啶（DHU）、假尿嘧啶（ψ）和甲基化嘌呤（mG，mA.等。tRNA的二级结构呈三叶草形，其组分包括：位于上方的DHU环和Tψ环；下方的反密码环通过其中的3个碱基5’-GUA-3’识别mRNA分子上对应的互补三联体密码，然后将正确的氨基酸接合到tRNA3’末端的CCA-OH结构上，此处称为氨基酸臂，负责携带与转运氨基酸。tRNA的共同三级结构是倒"L"形。
（3）核蛋白体RNA（rRNA.：它是细胞内含量最多的RNA，占RNA总量的80%以上。rRNA与核糖体蛋白共同构成核糖体（ribosomE.。原核生物和真核生物的核糖体皆由易解聚的大小两个亚基组成，它们是蛋白质生物合成的场所。
