当一个群体足够大、随机交配、不受进化力量的影响时，群体的基因频率并不因为遗传而改变。然而对很多群体而言并不具备Hardy-Weinberg所要求的条件。如群体常常并不够大、交配也不是随机的、另外进化的压力也是存在的。在这种情况下，基因频率会发生改变；而群体的基因库对不同进化因子相互作用作出反应而发生进化。影响进化的自然作用因素主要有：
（1）突变：突变是指DNA种类、结构、排列顺序或数目上的发生变异，突变是造成遗传变异最初的原因。
（2）基因漂变：在很小的机会下，等位基因的基因频率随时间产生不规则的变动。尤其对较小的种群有较大的影响力
（3）基因流动：含有不同等位基因的新成员进入一个种群，或种群的某些成员离去，都会使等位基因发生改变。
（4）自然选择：每一个个体中，都有一连串的变异，若环境改变，资源不足，或天敌的威胁下，拥有较适应环境的表现型的个体会有较大的生存机会。长久下来就造成物种的改变。
