新的信号假说的要点如下：
①ER转运蛋白质合成的起始。通过ER转运的蛋白合成仍然起始于胞质溶胶中的游离核糖体。核糖体是蛋白质合成的基本装置，它并不决定合成蛋白质的去向，合成的蛋白质何去何从，是由mRNA决定的，也就是说是由密码决定的。
②信号序列与SRP结合。SRP的信号识别位点识别新生肽的信号序列并与之结合；同时，SRP上的翻译暂停结构域同核糖体的A位点作用，暂时停止核糖体的蛋白质合成。
③核糖体附着到内质网上。结合有信号序列的SRP通过它的第三个结合位点与内质网膜中受体（停靠蛋白）结合，将核糖体附着到内质网的蛋白质转运通道（protein-translocating channel）。现已了解，SRP受体是一种G蛋白，它对分泌蛋白的转运具有重要的调节作用。受体蛋白与GTP结合，表示是活性状态，能够与SRP结合，如果结合的是GDP是非活性状态，不能与SRP结合。
④SRP释放与蛋白质转运通道的打开。当SRP-信号序列-核糖体-mRNA复合物锚定到内质网膜后，SRP受体将其结合的GTP水解同时将SRP释放出来，此时蛋白转运通道打开，核糖体与通道结合，新生的肽插进通道。释放的SRP又回到胞质溶胶中循环使用。内质网膜蛋白质转运通道是一个多蛋白的复合物，详细的作用尚不清楚。
⑤信号序列与通道中受体结合。蛋白质继续合成，随着SRP的释放，核糖体上的多肽插入到内质网的蛋白通道之后，信号序列与通道中的受体（或称信号结合蛋白）结合，蛋白质的合成重新开始，并向内质网腔转运，在此过程不需要能量驱动。
⑥信号肽酶切除信号序列。当转运完成之后，若转运多肽的信号序列是可切割的序列则被内质网膜中信号肽酶（signal peptidase）所切割，释放出可溶性的成熟蛋白，切下的信号序列将被降解。
