半知菌的分类单元在性质上与其它真菌有什么不同？半知菌分类与命名出现交叉的原因。

半知菌的分类主要是根据无性阶段（分生孢子阶段）的形态特征，而且半知菌包含了未发现有性阶段的子囊菌和担子菌，半知菌不同群体间不一定有相近的亲缘关系和系统发育关系。因此，半知菌的分类单元、性质与其他真菌有所不同。通常在它们的各级分类单元名称前加上“形式”两个字，如形式亚门、形式纲、形式目等，以表示半知菌分类单元的含义与其他真菌的不同。根据无性阶段建立的式样属和式样种等分类单元，并不反映系统发育的关系。例如无性阶段属于同一个属的半知菌，根据有性阶段的特征可以划归不同的属。但是，半知菌的分类对于实际工作中鉴定和利用半知菌是十分有用的。事实上，半知菌的形式属、形式种一般都简称为属和种，但应当知道它们的性质与其他真菌的有所不同。
由于半知菌中包括许多子囊菌和担子菌的无性阶段，这些真菌的有性阶段分在于囊菌或担子菌中，它们的无性阶段又分在半知菌中，因此，同一个种真菌就交叉分在不同的分类单元中，随着带来的问题就是同一个种就有两个学名。根据国际命名法规，每一个生物的种只能有一个合法的学名。就许多子囊菌和担子菌来说，它们有性阶段的学名是正式的学名，但它们的分生孢子阶段的学名在应用上很方便，所以目前在国际上也认为是合法的。主要原因是这些真菌的无性阶段发达，与人类关系较密切。人们在发现它的无性阶段后先给予一个学名，后来又发现它的有性阶段，于是又有了有性阶段的学名。由于它的有性阶段较少见或不重要，难以根据有性阶段的特征进行分类和鉴定，同时人们已习惯使用它的无性阶段的学名，并很容易根据无性阶段（无性态）的特征进行分类和鉴定，因此无性阶段的学名仍然被广泛使用，而有性阶段（有性态）的学名反而很少使用。例如稻瘟病菌，长期来已习惯使用它的无性阶段学名稻梨孢（Pyriculariaoryzae），如使用有性阶段的正式学名Magnaporthegrisea，反而令人感到生疏。因此，在叙述一种子囊菌或担子菌时，有时同时注明两个阶段的学名。

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