细菌的附属结构包括:质粒、荚膜、鞭毛、菌毛和芽胞。质粒是某些细菌除染色体外的遗传因子。特点是能自我复制、可转移性、相溶与不相溶、大小不等、控制次要性状。荚膜是部分细菌在生活过程中,在细胞壁外产生的一种疏松透明的黏液层。内含多个细菌时称为菌胶团。荚膜按厚度分大荚膜、微荚膜、黏液层。其形成与菌种和营养条件有关。
功能主要是保护、抗吞噬、抗干燥。鞭毛是杆菌、弧菌、螺菌和少数球菌在菌体上附有的细长呈波状弯曲的具有运动功能的丝状毛。菌毛,细丝状物,数量极多,周身排列,无运动功能,化学本质为菌毛蛋白亚单位。分为普通菌毛和性菌毛。功能可能是黏附和传递遗传物质。芽胞是细菌的休眠体,能够抵抗恶劣环境因素。因不同细菌芽胞的形态不同,因此可作为鉴别的依据。