基因重组是指整段DNA在细胞内或细胞间，甚至在不同物种之间进行交换，并能在新的位置上复制、转录和翻译。在进化、繁殖、病毒感染、基因表达以及癌基因激活等过程中，基因重组都起着重要作用。基因重组也可归类为自然突变现象，它可有多种方式：
（1）转化（transfomation）：由外源DNA引起生物类型改变的过程，称为转化。如将有毒型肺炎双球菌的DNA和无毒型肺炎双球菌一起培养，产生的子代为有毒型肺炎双球菌。
（2）整合：λ噬菌体感染大肠埃希菌时，可将其所含λDNA注入菌体内。λDNA在菌体内可与细菌的染色体重组，成为细菌染色体的一部分，这称为整合。整合了噬菌体基因组的细菌称为溶原菌。
（3）转导（transduction）：将噬原菌中噬菌体DNA切离时，噬菌体也会带走一部分邻近的宿主DNA。带有宿主DNA的噬菌体称为转导噬菌体，此过程称为转导。
（4）转位（transposition）：转位是指一个或一组基因从一处转位到基因组的另一位置，这些游动的基因称为转位子。免疫球蛋白即通过基因转位和重组而生成。基因工程是用分离纯化或人工合成的DNA在体外与载体DNA结合，成为重组DNA，用以转化宿主（细菌或其他细胞），筛选出能表达重组DNA的活细胞，继而使其纯化、传代、扩增，成为克隆。因此，基因工程也称基因克隆或重组DNA技术。
