水产动物远缘杂交中许多组合是不育的，特别是亚科之间的杂交可存活的组合更寥寥无几，其原因包括双亲核型相近程度、基因组大小、核质相容性与核质分裂节奏以及酶的基因座位或表达时控顺序的不同，研究发现，大多数远缘杂交不能成功的原因在于绝大部分属间以上的杂交亲本相容性都很低，由于亲缘关系远，造成生殖细胞之间的不相容，虽然杂种胚胎可以发育，但是发育不正常，引起杂交不相容的原因可能有一下几点：
一、核型差异杂交亲本的染色体数目不同，染色体配对困难，且其等位基因之间在形成合子是不协调，基因调控的紊乱致使正常发育受阻，最终导致死亡。
二、基因位点及基因表达的差异研究表明，酶的位点随着进化程度而增多，在胚胎后期出现的位点是那些分化历史较短的同工酶，它们表达的时空性也就越强，因此杂交两亲本的亲缘关系越远，父母本的等位基因表达的时空顺序可能不同步或出现相互抑制现象。
三、核质不相容对两栖类、鱼类、海胆种间杂种等位基因酶研究发现，母本卵母细胞质控制杂种胚胎基因迟滞或加速。
