一种微生物的生命活动和代谢产物可以抑制另一种微生物的生命活动，甚至杀死另一种微生物的现象称之为微生物之间的拮抗关系。而根据拮抗关系中的专一性，可以分为专一性拮抗关系和非专一性拮抗关系。
例如在酸菜制作和青贮饲料过程中，乳酸菌发酵后产生乳酸，使环境pH下降，这样使得其他不耐酸的微生物受到抑制，这种拮抗关系没有特异的针对性，凡是不耐酸的微生物都会受到抑制，称为非专一性拮抗关系。
另外象放线菌或其他微生物在生命活动中可以产生某种抗生素，这种抗生素只抑制或杀死某些（或某种）微生物，如青霉素只杀死革兰氏阳性细菌和部分革兰氏阴性细菌，即不同种类与结构的抗生素选择性地抑制某种微生物。这种拮抗关系称为专一性拮抗关系。
