（1）不能像理化监测仪器那样迅速作出反应，从而可在较短时间内就能获得监测结果，也不能像仪器那样能精确地监测出环境中某些污染物的含量，它通常反映的只是各监测点的相对污染或变化水平；外界各种因子容易影响生态监测结果和生物监测性能。如利用斑豆临测O3，其致伤率与光照强度密切相关，SO2对植物的危害受气象条件影响很大等；生物生长发育，生理代谢状况等都制约着外干扰的作用。相同强度的同种干扰对处于不同状态的生物常产生不同的生态效应，如水稻在抽穗、扬花、灌浆时期对污染反应最敏感、危害最大，而成熟期的敏感性就明显降低；
（2）指示生物同一受害症状可由多种因素造成，增加了对监测结果判别的困难。如许多植物的落叶、矮态、卷转、僵直和扭曲等，大气指化物的污染和低浓度除草剂施用均可造成上述异常现象。SO2对植物的伤害往往与霜冻或无机盐缺乏的症状也很相似。
