节肢动物门种类繁多，分类系统复杂。可分为三叶虫亚门、螯肢亚门、甲壳亚门和单枝亚门。
（1）螯肢亚门有以下3个纲：
三叶虫纲：海栖，1对触角，背面2条纵沟将身体分为三叶。已灭绝。
肢口纲：海生，体分头胸部、腹部和尾剑三部分。以书鳃呼吸。排泄器官为基节腺。例中国鲎（三刺鲎），我国浙江以南浅海产。
蛛形纲：多陆生；体分头胸部和腹部；无触角；腹肢退化；以书肺和气管呼吸；排泄器官为基节腺和马氏管。如各种蜘蛛、蝎子等。
海蜘蛛纲：海生底栖，体小，形似蜘蛛。身体由头和躯干组成，头前端伸出一圆柱状吻，头后有细窄的颈部。附肢特别发达，故又称为皆足纲。
（2）甲壳亚门主要有以下3个纲：
桡足纲：多生活在海洋中，体长一般几毫米，呈圆柱形，无背甲。身体分前体部和后体部，后体部无附肢或仅有1对退化的附肢。如哲水蚤、剑水蚤、猛水蚤等。
蔓足纲：海生，多固着生活。头胸甲形成外套包被身体，胸肢曲卷呈蔓状，故称蔓足。体外有石灰质的壳板，曾长期被认为是软体动物。如藤壶、茗荷儿。
软甲纲：多水生。是甲壳动物中最高等的类群。体常分头胸部和腹部，体节数多为20。头胸部13对附肢，其中头肢5对，胸肢8对。腹部6对附肢。其不同部位的附肢，由于执行的功能不同而有不同的形式，能够形成触角、口器、步足、游泳足和交接器等器官。排泄器官为触角腺（如对虾的排泄器官为此）、颚腺。包括各种虾、蟹（二者同属于十足目）、磷虾（属于磷虾目）、糠虾（属于糠虾目）等。
（3）单枝亚门主要有以下3个纲：
倍足纲：身体细长，分头部和躯干部。体节成对愈合，多数愈合后的体节有2对足。分布于陆地潮湿的地方。如马陆。
唇足目：体细长，分头和躯干两部分。体节10几至100多，每节1对步足。用气管呼吸；排泄器官为马氏管。如蜈蚣。
昆虫纲（Insecta）：陆地、淡水和海洋均有分布。体分头、胸、腹三部；头部4对附肢；胸部3个体节，3对足，高等种类胸部2对翅；成体腹部附肢退化；用气管呼吸；排泄器官为马氏管。如蝗虫、蚊、蝇、蝶、跳蚤等。
