电子商务系统的与一般企业信息系统的系统分析相比较，既有相似的地方也有不同之处。具体表现为：
（1）目标相同。无论电子商务系统还是其它的企业信息系统，系统分析的目的都是为了给未来要建设的新系统提出明确的、细致的需求；从而使得系统设计可以有的放矢，具有明确的针对性。
（2）方法类似。系统分析的所有方法都是为实现系统分析的目标服务的。信息系统的分析方法，无论是面向数据流的结构化分析方法、还是面向对象的分析方法，虽然表现形式不同，但是目标都是为了从不同层次、不同角度描述清楚企业的业务过程究竟如何、企业业务模型究竟是什么样的。
（3）系统分析的对象不尽相同。传统信息系统的系统分析，着重于从业务的手工处理系统、或者企业既有信息系统入手，描述既有系统的业务处理中的数据、加工处理过程，在此基础上分析其中的不足或缺陷，进而提出未来要构造的新系统的需求。电子商务系统的系统分析，尽管也是为了给未来的新系统——电子商务系统提出需求，但是由于企业电子商务活动还没有实施，企业不可能在没有技术支持的条件下开展电子商务，所以目标系统的参照物并不存在。所以，电子商务系统所要分析的对象并不完全是企业的手工处理过程，至少可以说企业既有系统只是电子商务系统分析对象的一个组成部分。
（4）系统分析的任务不同。传统的系统分析主要包括系统调查、系统业务分析、提出对新系统的需求这样几个方面。但是，对于电子商务系统而言，很难直接地通过分析企业既有系统或手工作业的不足，进而给出对电子商务系统的需求，所以，电子商务系统分析的任务除了要对企业业务流程进行调查，分析老系统的不足之外，还有一部分重要的工作是创新工作，即老系统分析的基础上，结合电子商务的特点、不同电子商务模式需求的共性，创新性地提出企业尚未开展、而目标系统应当满足的一部分需求。
总之，电子商务系统分析与传统信息系统分析的目标是一致的，主要是分析提出未来新系统的业务需求。但是电子商务系统分析不仅需要调查分析企业业务处理过程，描述既有系统的业务要求，而且要在其基础上，结合电子商务的特点，创新性地描述未来系统应当满足的需要和实现的功能。
