自交系由于是有计划地有步骤地进行人工自交所选育出来的，就每一个系的本身来说，其生长势、生活力是比原材料减弱了，但因在自交过程中，淘汰了不良的基因，增强了同质结合，使系内每一个个体都是具有相对一致的优良基因型，因而在性状上也是整齐和优良的。优良的玉米自交系必须具有育种目标所要求的条件。杂交种产量的高低，经济性状和好坏，抗逆性的强弱，生育期的长短等，一般都与亲本自交系的相应性状有密切的联系。因此，应对自交系进行严格的选择。优良的自交系，应具有下列几个基本条件：
第一，配合力高。配合力是指一个自交系与其它自交系（或品种、杂交种）杂交后，所产生的杂种所表现的产量能力，以及其它数量性状的指标。自交系配合力的高低是衡量自交系好坏的重要标志之一。
第二，抗病力高。当前大、小斑病是玉米主要病害，如病毒病、丝黑穗病、青枯病、纹枯病等在不同地区也表现严重，因此，应选育抗病力高的自交系和抗多种病害的自交系。
第三，产量高。优良自交系不仅要求其在杂交组合中表现高的杂种优势，而且也要求它本身生长发育比较健壮，产量相对高一些，才能减少繁殖和制种面积，提高种子产量，降低种子成本。
第四，性状优良、典型一致。
