1、光合细菌为活的生命体，不可与消毒杀菌剂混合使用；
2、在改善水质方面，应灵活掌握用量和使用的连续性，PSB只有形成优势种群，才能发挥最大的作用；3、如果养殖对象已发病，说明病原微生物的浓度已达到或超过发病临界点，光合细菌的用量必须很大，否则没有明显的效果。此时最好先用杀菌消毒剂治疗，一周后再用光合细菌；
4、改善水质的最佳使用方法：晴天上午使用；水温高于20℃；池水酸碱度在8左右；浓缩的光合细菌或储存时间较长的光合细菌，在使用前最好应先活化。通常对菌液进行连续10小时以上的光照；
5、用作饲料添加剂时，用量以1.2%～1.5%为宜，把菌液喷于饲料表面，稍浸润后即可正常投喂。拌入光合细菌菌液的饲料应于当天投喂完毕；
6、光合细菌菌液不能用金属器皿储存，储存环境注意防止高温（42℃），并最好应有一定的光照；
7、使用前应注意生产日期及光合细菌的活力。失效变质应禁止使用，尤其是作为饲料添加剂使用时。
