1）以大写字母A、D、C....表示HLA遗传区域中的座位。
2）HLA抗原特异性用数字表示。
3）为防止与补体组分命名相混淆，HLA-C抗原特异性以Cw为字首命名。
4）HLA基因命名一般以4位数字表示，其中前2位数字表示对应最相近的HLA抗原特异性，后2位数字则用于表示亚型的等位基因。
5）如果出现第五位数字，则代表“沉默取代”，即该基因虽发生了个别碱基的替换，但新密码子与原密码子属简并密码，不影响所编码的氨基酸序列。
6）第6、7位数字代表相应的启动子序列的多态性。
7）末尾加英文字母N表示无效基因或不表达基因。
8）在不能区分等位基因时，可允许最前面的2位或4位数字表示该HLA的特异性。
