引起种群失调的诱发因素主要有：
①射线照射：人或动物在接受一定量放射物质与放射线照射后，吞噬细胞的功能与数量均下降，淋巴细胞功能减弱，非特异杀菌作用减退或消失，免疫应答能力明显遭到破坏，此时已发生微生态失调。微生物对照射的抵抗力明显大于宿主，而且微生物在照射后对抗生素耐药性提高，毒性亦增强。
②使用抗生素：在抗生素的选择作用下，能增加正常微生物群对抗生素的耐药性。在肠道正常菌群中，耐药性传递是相当频繁的，如耐药性葡萄球菌、铜绿假单胞菌等正常菌群常导致医院内感染。
③外科手术：包括手术、整形、插管以及一切影响宿主生理解剖结构的方法与措施，都可能造成正常菌群的易位转移。因此在微生态失调的诱发因素中，外科治疗措施占有重要位置。
④其他因素：包括医源性因素、使用免疫抑制剂、细胞毒性物质和激素等，使得机体免疫功能下降。例如，肠道正常菌群中的脆弱类杆菌和消化球菌等厌氧菌常可成为机会致病菌而引起内源性感染。
