哲学上，笛卡儿是一个二元论者以及理性主义者。他认为理性比感官的感受更可靠。（他举出了一个例子：在我们做梦时，我们以为自己身在一个真实的世界中，然而其实这只是一种幻觉而已）。
他从逻辑学、几何学和代数学中发现了四条规则：
1.除了清楚明白的观念外，绝不接受其他任何东西；
2.必须将每个问题分成若干个简单的部分来处理；
3.思想必须从简单到复杂；
4.我们应该时常进行彻底的检查，确保没有遗漏任何东西。
由此，笛卡尔第一步就主张对每一件事情都进行怀疑，而不能信任我们的感官。从这里他悟出一个道理：他必须承认的一件事就是他自己在怀疑。而当人在怀疑时，他必定在思考，由此他推出了著名的基本公式――“我思故我在”（Cogitoergosum）。笛卡儿将此作为形而上学中最基本的出发点，从这里他得出结论，“我”必定是一个独立于肉体的、在思维的东西。笛卡尔强调思想是不可怀疑的这个出发点，对此后的欧洲哲学产生了重要的影响。但是它的基础，“我思故我在”被后人证明是并不十分可靠的，因为该公式其实是建基于承认思想是一个自我意识这一隐蔽着的假设上的，如果摈弃了自我意识，那么笛卡儿的论证就失败了。
