农家肥是指农民自行将粪便、厩肥或农作物秸秆等堆制而成的有机肥料。二者之间的区别：
一是有益微生物差异。微生物肥料含有大量的有益微生物，其活动能够改善土壤的理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长；农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共存；
二是肥效差异。微生物肥料发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快；农家肥露天长期堆制，养分特别是氮素养分损失较多；
三是安全性差异。微生物肥料经过有益微生物作用，基本消灭了畜禽粪便中对作物有害的虫卵和病原菌；农家肥自然发酵，不受人为因素的控制，内含对作物生长和人体有害的病原菌和害虫；
另外，微生物肥料经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根、烧苗；而农家肥腐熟不彻底，用量稍大就会出现烧根、烧苗，导致减产。
