表观遗传是指由非DNA序列变化引起的可遗传的表型变化，主要是由DNA化学修饰导致的。
组蛋白主要参与核小体形成，形成染色质的高级结构，位于核小体上的DNA的转录活性受组蛋白和DNA间结合状态的影响。组蛋白通过甲基化、乙酰化和磷酸化而导致和DNA的结合改变，当二者之间的结合变紧密时，基因转录活性下降或不能转录，当变疏松时，基因转录活性增强或激活，从而影响表观遗传。
非组蛋白可以和DNA上的特异位点结合，引起DNA构象变化，导致DNA和其他非组蛋白以及组蛋白的结合发生变化。最终促使DNA解螺旋，DNA和组蛋白分离使染色质结构疏松，或相反，引起基因的失活或激活，从而影响表观遗传。
