燃料电池有以下优点：
①不受热机效率的限制，能量转换效率高，理论发电效率可达100%。若以氢气为燃料，熔融碳酸盐燃料电池（MCFC）实际效率可达58。4%。通过热电联产或联合循环综合利用热能，燃料电池的综合热效率可望够达到80%以上。而且其发电效率与规模基本无关，小型设备也能得到高效率。
②无污染，噪音低，满足环保要求。
③处于热备用状态，燃料电池随负荷变化的能力非常强，可以在1s内跟随50%的负荷变化。
④电池的贮能能力不取决于电池本身的大小，只要不断供给燃料，它就能连续地产生电能。
⑤灵活性大，可以做成模块式标准组件按用户要求，组装成不同要求的发电装置，小到一家一户的供电取暖，大到分布式，电站与外电网并网发电
⑥可使用的燃料范围广。以燃料重整器和燃料电池、电堆构成的燃料电池电站可使用气态化石燃料（天然气，LPG等）、液态化石燃料（柴油，甲醇，DME，GTL等）、以及来自各种生物质能的沼气，垃圾气化气，乙醇等。
燃烧电池有以下缺点：
（1）成本高、价格昂贵。
（2）高温时寿命及稳定性不理想。
（3）燃料电池技术不够普及。
（4）没有完善的燃料电池供应体系。
