皇史宬主要收藏皇帝的实录、圣训（宝训）和玉牒。这些档案均收贮于楠木制成鎏金铜皮包制金匮内。室内金匮明时20台，清雍正时增至31台，同治时为141台，光绪时增至153台。清代还把将军印信107颗存放于皇史宬，另贮《大清会典》等。两侧配殿清代还保存过内阁题本的副本。另外，皇史宬还收藏过《永乐大典》副本。
送皇史宬档案有一定制度，实录、圣训、玉牒修成后，命礼部具仪择日进呈。保管调阅也有严格手续，明代“皇史宬每年六月初六日奏知晒晾，司礼监第一员监官提督，董其事而稽核之。看守则监工也”。启匮查阅，要“焚香九叩首”。皇史宬有专门管理人员，明代记载不祥，清代有内阁侍读学士二人，侍读四人掌管，还设守尉三人，守吏十六人。
