标本治法的临床应用，一般是“治病必求于本”。但在标病甚急，如不及时解决，可危及患者生命或影响疾病的治疗，则应采取“急则治其标，缓则治其本”的法则，先治其标，后治其本。如水膨病人，当腹水大量增加，大小便不利、呼吸喘促，应先利水、逐水急治其标，待腹水减轻，再调理肝脾，以治其本，对慢性病，或急性病恢复期，者是缓则治其本。对标本并重，则应标本兼顾同治。如热病伤阴证，用清热生津或清热养阴，标本同治。
扶正与祛邪的应用原则，扶正，适用于以正气虚为主要矛盾，而邪气也不盛的虚性病证，祛邪，适用于以邪实为主要矛盾，而正气未衰的实性病证，扶正与祛邪兼用，适用于正虚邪实病证，而且两者兼用应扶正不留邪，祛邪不伤正，若邪盛正虚，但正气尚能耐攻，或兼扶正反会助邪的病证，则应先祛邪后扶正。若正虚邪实，以正虚为主的病人，兼于攻邪，会反更伤正气，则应先扶正而后祛邪。
