（1）树种分布范围的大小和性状：
一般而言，树种分布区较大，则变异大；分布范围小变异较小。
（2）树种自然分布区内环境因素的多样性：
分布区环境条件越复杂，则种内群体的遗传变异愈大。那些既分布在平原又分布在山区的种类具有较多的地理变异。
（3）分布区的不连续性：
由于地理隔离导致无法交流基因。（分布区不连续的树种，如生长在山区的种，由于地理隔离，群体间没有基因交流，有时即使相隔仅100km的相邻种群在遗传上也完全不同。）
（4）未知因素：
有的树种分布范围大，但遗传变异很小；有的树种分布范围小，遗传变异较大。出现这些特殊现象的原因还不清楚，可能包括突变、迁移、选择等因素。
