资本结构是由企业采取各种筹资方式聚集而形成的，影响跨国公司资本结构的因素主要有：
（1）收入稳定性。企业的收入是偿债的来源。公司债有确定的偿债义务，到期必须还本付息，对现金流量的稳定性要求较高。而股权融资不用归还股本，只需支付股利，对现金交流的要求就比较少。因此，现金流比较稳定的跨国公司具有更高的债务承受能力，资本结构中可以安排更高的债务比例，相反，现金流波动较大的跨国公司可能更偏爱股权融资。一般情况下，从事多元化经营的跨国公司拥有更加稳定的现金流量，比较偏好债务比例较高的资本结构。
（2）企业的成长性。企业的市场竞争能力是决定其持续发展的关键因素。竞争能力强、市场份额高、发展速度快的跨国公司，对外部资金的需求规模大，留存收益不可能满足其扩张的融资需求，倾向于使用更多的债务资本，以充分利用财务杠杆，提高企业每股收益。而市场竞争能力差、发展速度慢、成长前景不好的跨国公司，往往比较偏好权益融资，通过运用内部留存收益、增发股票来补充资本。
（3）贷款银行和评级机构的态度。在涉及大规模的筹资时，贷款银行和信用评级机构的态度实际上往往成为决定企业资本结构的关键因素。为了规避信用风险，债权人对债务人的资信、抵押或担保品、风险管理能力有较高的要求，这些因素直接影响贷款的可获得性。信用等级高、管理能力强或拥有房地产等可担保资产的跨国公司比较容易获得低成本贷款，也更偏爱债务融资。
（4）税收。由于企业债务利息具有节税效应，所得税税率越高的跨国公司，举债筹资的好处就越大，越偏好债务融资。此外，在东道国对子公司向母公司汇回的收益征收预提税的情况下，在东道国举债，可以减少子公司定期汇回的现金量，进而减少预提税。
