1、胚部脂肪的含量低的种子，耐贮性一般较好；胚部脂肪含量高的种子，贮藏过程中易发生脂肪的酸败，其耐贮性差。
2、种子的呼吸作用以胚部最为活跃。胚大的作物种子呼吸强度也大，贮藏条件要求也高些（如玉米）。
3、可溶性糖主要分布于胚部和种子的外围部分，当成熟后的种子在不良条件下贮藏，可溶性糖可能增高。种子中可溶性糖的含量，可在一定程度上反应种子的生理状况及环境状况。
4、水分含量高时，种子的胚部产生大量水溶性物质，加之胚部的种皮较薄，种子胚先受危害。种子胚受到危害，可在一定程度上反应环境中水分含量。
