1）土壤养分偏耗：长期种植一种作物，因其根系总是停留在同一水平上，该作物大量吸收某种特需营养元素后，就会造成土壤养分的偏耗，使土壤营养元素失去平衡，不利于继续种植同种作物。
2）有毒物质积累：作物生长过程中的根系和叶片的分泌物以及残体腐解所产生的物质，有对自身的生长有抑制作用。
3）土壤物理性质恶化：由于耕作、施肥、灌溉等方式固定不变，会导致土壤理化性质恶化，有机质分解缓慢，有益微生物和数量减少。
4）病虫草害加重：每种作物都有一些寄生性的病虫或（和）伴生性的杂草，连作可使这些病、虫、草循环感染。
5）土壤微生态恶化连作导致土壤微生物种群数量与比例失调和土壤酶活性下降，降低了土壤的供肥能力，致使作物减产。
