1.清除菌源在秧田或本田翻耕灌水耙平时，大多数菌核浮在水面，混杂在“浪渣”内，被风吹集到田角和田边，用布网或密簸箕等工具打捞“浪渣”并带出田外烧毁或深埋。不直接用病稻草和未腐熟的病草还田，铲除田边杂草，可减少菌源，减轻前期发病。
2.加强肥水管理根据水稻的生育时期、天气、稻田水位高低、土壤性质、水利条件等情况，合理排灌，以水控病，彻底改变长期深灌高湿的环境，做到浅水发根、薄水养胎、湿润长穗，其中尤以分蘖末期至拔节前进行适时搁（晒）田、后期干干湿湿的排灌管理，降低株间湿度，促进稻株生长健壮，对控制纹枯病的危害效果显著。对深泥田、冷浸田和肥田宜重晒，对沙性田则应轻搁，对稻苗旺、封行早的稻田宜分次搁。
氮、磷、钾要配合施用，做到农家肥与化肥，长效肥与速效肥相结合，切忌偏施氮肥和中、后期大量施用氮肥。应前期发得起、中期站得稳、后期不脱肥，做到水稻前期不披叶、中期不徒长、后期不贪青，收割时青秆黄熟。对连作早稻田宜前重、中巧、后补，单季晚稻田宜两头重、中间轻，连作晚稻田宜基肥足、追肥早而速的肥料分配方式
3.种植抗病品种尽管目前尚未发现高抗和免疫的品种，但品种间抗性存在差异，在病情特别严重的地区可以种植一些中抗品种。此外，应积极利用现代分子生物学手段，创造抗病材料，将外源抗病基因导入水稻品种中。
4.药剂防治一般在水稻分蘖末期，丛发病率达5%或拔节至孕穗期丛发病率为10%~15%的田块，需要采用补救措施。前期（分蘖末期）施药在于抑制气生菌丝生长，控制病害的水平扩展；后期（孕穗期至抽穗期）施药在于抑制菌核的形成和控制病害的垂直扩展，保护稻株顶部功能叶不受侵染。
