不重视三一专用生物肥的使用，会出现以下六个方面的问题：
（1）、导致土壤严重板结。大量使用化肥，土壤有机质下降，致使农田土地严重板结、土壤透气性差、蓄水能力差，作物根系不易生长，植株弱小。近年来出现的早衰黄叶现象就很好的反映了这一问题。
（2）、导致农作物病害发生严重。单一使用化肥，破坏了土壤中的微生物群体平衡，有害菌增多，侵害植物，使得病害发生严重。有益菌和有害菌比例失调，是为什么病原菌、病虫害会孳衍繁生而不可收拾的主要原因。80年代以前一棵大豆、花生根上有上百个根瘤，而现在不足几十个，这就是大量使用化肥导致打破土壤中的微生物群体平衡，有益菌和有害菌比例失调的一个很明显的例子。
（3）、导致农作物缺素症越来越突出。过量使用N、P、K化肥，影响中微量元素的吸收，其实质不是土壤中缺乏中微量元素，而是土壤中中微量元素与N、P、K产生拮抗作用或与大量元素的比例失调，造成农作物难以吸收。这也是为什么植物所需的水分、无机肥分充分供应之后，植物仍旧不能健康生长，根部不能完全吸收这些养分的原因。
（4）、导致土壤线虫危害越来越严重。长期大量使用化肥，会诱使线虫发生，同时土壤有益活性菌减少，不能抑制线虫发生，给生产带来很大危害。防治线虫的药剂多数毒性大，和无公害生产相抵触；低毒农药不是效果不好就是成本过高，大大影响了农业生产的效益。
（5）、导致土壤高度盐碱化。过量施用化肥，大量的硫酸根离子、氯离子、磷酸根残留在土壤中，与土壤中的钠、钾等阳离子结合形成盐，导致土壤盐碱化。土壤失去活性，为了追求产量，农民不断加大化肥的使用量，更增加土壤的盐含量，形成恶性循环，最终导致土壤的次生盐渍化，长此以往，最后的结局不堪设想。
（6）、导致农产品品质下降。过量使用化肥，片面强调了N、P、K等无机营养元素的供给，破坏了植物对有机养分和无机养分的平衡吸收，以致瓜果不甜、肉菜不香了。
