物流信息系统是把各种物流活动与某个整合过程连接在一起的通道。整合过程建立在四个功能层次上：交易、管理控制、决策分析，以及制定战略计划系统。
第一层次是交易系统，是用于启动和记录个别的物流活动的最基本的层次。其特征是：格式规则化、通信交互化、交易批量化，以及作业逐日化。结构上的各种过程和大批量的交易相结合主要强调了信息系统的效率。
第二层次是管理控制，要求把主要精力集中在功能衡量和报告上。功能衡量对于提供有关服务水平和资源利用等的管理反馈来说是必要的。因此，管理控制以可估价的、策略上的中期的焦点问题为特征，它涉及评价过去的功能和鉴别各种可选方案。
第三层次是决策分析，主要把精力集中在决策应用上，协助管理人员鉴别、评估和比较物流战略和策略上的可选方案。典型分析包括车辆日常工作和计划、存货管理、设施选址，以及有关作业比较和安排的成本——收益分析。决策分析趋向于更多地强调有效，而不是强调效率。
最后一个层次是制定战略规划，主要精力集中在信息支持上，以期开发和提炼物流战略。这类决策往往是决策分析层次的延伸，但是通常，更加抽象、松散，并且注重于长期。
在过去，绝大部分开支集中花费在改进交易系统的效率上。虽然这些改进在速度上以及在降低作业成本上多少提供了回报，但期望能在降低成本上获益往往是不现实的。因而，最近的物流信息系统应用主要集中在管理控制、决策分析，以及制定战略规划等构件上。例如，正在把仓储和运输交易系统结合进重要的管理控制，用来衡量劳动和设施生产率。
