土壤中的原生动物很多，包括根足类、鞭毛类和纤毛虫三类，其中鞭毛类数量最多，分布最广。原生动物在表层土壤中数量较多。它们有机物质为食料，也吞食有机物残片和捕食细菌、单细胞藻类和真菌孢子。
原生动物在土壤中的作用，至今还不是十分清楚，一般推断，认为原生动物起调节细菌的作用，它们有助于营养元素的转化，对土壤中植物残体的分解，与细菌和真菌相比要弱得多。
石灰岩土所谓石灰岩土土壤（Limestonesoiles）是在热带、亚热带地区石灰岩经溶蚀风化形成的初育土。早在20世纪40年代就在石灰土和黑色石灰土之分，20世纪50年代又划分出棕色石灰土。
