灵敏度低、检材用量：一次检测多基因座DNA指纹图至少需要0.5-1.0ugDNA，相当于50ul血液，5ul精液，0.5-1.0ug组织和15根毛发。
对基因组DNA的质量要求高：提取的检材分子至少在20kb以上，腐败或降解检材DNA无法进行多基因座的DNA指纹图的检验。
多基因座DNA探针没有种属特异性：当物证检材中污染有动物DNA时，导致错误的结论。
高突变率：陌生带的出现可能导致假排除。
检验操作烦琐，实验环节多，实验周期较长（5-7天）。
统计学计算方法的理论尚待完善。
谱带飘逸，不是同一块凝胶的分析结果不能比对。一旦原有检材已用完就不能再进行比对检验。
不能解决来自2个以上个体混合检材的个体识别问题。
