传统的育种主要依赖于植株的表现型选择。环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素会影响表型选择效率。分子标记辅助选择育种，指的是经典遗传学和现代分子生物学，在分子遗传学理论指导下，将现代生物技术手段整合与经典遗传育种方法中，综合表现型和基因型筛选，培育优良新品种。
1.分子标记辅助育种技术针对质量性状的选择，常规杂交育种通过对其表现型常年多次重复的观察是可以获得其纯合植株的但周期一般要七八年甚至是十多年。在常规育种的基础上借助分子技术的辅助手段可以将质量性状准确地定位，大大地降低了回交的次数，也缩减了所需要的年限。
2.借助分子标记辅助手段是直接对基因型进行选择。不但精准，而且效率高，植物大多数的农艺性状都是由多个基因联合调控的，所以单纯的常规育种在针对数量性状的选择上已经达到了瓶颈。
3.分子标记辅助育种不存在安全隐患。因为在整个育种过程当中完全不需要引入外源基因，与转基因育种有本质的区别。这项技术极大地发挥了种群内部遗传多态性的优势，是将种群内部优良性状整合的一个过程。
4.分子标记辅助育种是直接在水平上选择差异，是遗传变异的直接反映它能够根据植物体的各个时期进行选择，不受环境及表达的限制，数量多，多态性高并且遗传稳定。
