（1）能量和营养元素的保护。土壤库是农业生态系统营养元素的主要贮存场所，在极其复杂物质和能量的转化中，它以巨大的库容和物质的循环利用，满足农作物世世代代所需的营养元素。
（2）营养元素的供给与调解，营养元素供给量土壤库的重要功能，而调解营养元素供给的速率是其自身运动规律的一种表现，人类往往通过土壤耕作措施影响土壤生物活动以及营养在各个亚库之间以及营养在各个营养在多个亚库间的转移，到达调节农业生态系统的目的。
（3）氮素固定作用，土壤生物压库中存在较大量共生固氮菌（如大豆根瘤菌）和非共生固氮菌，它们可以把大气中的惰性氮转化为植物可以利用的氮素。共生固氮在生物固氮中占有十分重要的地位，它固定的氮量占生物总固氮量的4/5，在农业上有重要的经济价值，其中最主要的是豆科植物与根瘤菌的共生固氮体系。
（4）在处理污粪方面，土壤在一定容量内是一个理想的场所，因此，在维持环境质量方面，土壤生物起着极其重要的作用，然而…净化环境。农业生态系统为防治病虫草害而使用了大量的农药，残留在土壤中的农药大部分可被土壤生物降解，在处理污染方面。
