设施作为一个特殊的空间，二氧化碳的变化比较剧烈。夜间设施内园艺作物和微生物呼吸作用和土壤有机物发酵分解释放出大量的二氧化碳，使二氧化碳浓度逐渐升高，日出前达最高。日出后，作物进行光合作用，吸收二氧化碳，而此时，为保持设施内温度而不能通风换气。因此，设施内二氧化碳浓度急剧下降，常低于露地。当温度升高开始放风，使二氧化碳得到外界空气的补充，浓度开始上升。
设施内CO2浓度的特点：一方面是设施内夜间保护设施内CO2浓度比外界高，但白天植物进行光合作用，吸收CO2造成设施内CO2浓度比外界低，通风对设施内CO2浓度影响较大。另一方面是CO2浓度分布的不均匀性，以塑料大棚为例，其横断面的中部与边区的CO2浓度分布不均匀，使大棚中部作物光合强度与边区的差异大，造成大棚中部为高产区、边区为低产区。
