我国特别行政区的主要特点有：
第一，特别行政区实行政治制度不同于普通行政地方和民族区域自治地方。按照我国现行宪法、地方组织法和民族区域自治法的规定，普通地方和民族区域自治地方实行的根本政治制度是人民代表大会制度。在特别行政区，按照特别行政区基本法规定，实行的是具有分权性质的资本主义政治制度。
第二，特别行政区实行的经济制度不同于普通行政地方和民族区域自治地方。按照我国现行宪法和有关法律的规定，普通地方和民族区域自治地方统一实行社会主义经济制度。在特别行政区区，按照有关法律规定，实行的是资本主义经济制度。
第三，特别行政区适用的法律不同于普通行政地方和民族区域自治地方。普通行政地方和民族区域自治地方适用以宪法为核心的有关法律，包括全国人大及其常委会制定的选举法、地方组织法、行政法、民法、刑法、诉讼法、民族区域自治法等。在特别行政区除依法适用保留的原有法律外，还包括适用中华人民共和国宪法、依据宪法制定的特别行政区基本法、特别行政区立法机关依据特别行政区基本法制定的法律、由特别行政区基本法附则所列举的其他全国性法律。此外，在全国人大常委会宣布战争状态或依法决定特别行政区进入紧急状态后，中央人民政府可以发布命令将有关全国性法律在特别行政区实施。
