清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度。天命九年（1624）创立。旗为军事、行政合一单位，由清中央就旗内王公中任命札萨克为其长，可以世袭；其职权为战时动员本旗兵丁出战，平时总揽本旗行政、司法、税收等项事务。旗以下置佐，设佐领。佐原为基本军事单位，后逐渐成为旗以下的一级行政单位。佐领不仅领本佐兵丁，还办理清册、收税、征夫等事。原则上，佐由150名壮丁组成，但实际上有增有减。凡年在18～60岁之间的蒙古男丁，都有服兵役的义务。
盟为旗的会盟组织，合数旗而成。每盟设盟长一人、副盟长一人，原由盟内各旗札萨克在会盟时推举，后改由理藩院就盟内各旗札萨克中签请皇帝派人兼摄。盟并非一级行政机构，盟长的主要任务是充当三年一次的会盟召集人，履行比丁、练兵、清查钱谷、审理重大刑名案件等职责，但无发兵权，不能直接干涉各旗内部事务，也无权向各旗发布命令，只是对盟内各旗札萨克实行监督，有责任随时告发札萨克的不法或叛逆行为。
盟旗制度使蒙古族人民不能越旗游牧、耕种及往来、婚嫁。内、外札萨克之间，特别是蒙、汉人民之间的接触更在禁止之列。此制除在明代封建主长期内讧之后，对稳定蒙古社会秩序起过一定作用外，基本上妨碍了蒙古族的进步和发展。1949年后，盟旗制度已彻底废除，仅保留盟旗称谓。盟相当于专区，旗相当于县。
