根据萌发过程中种子吸水量，即种子鲜重增加量的“快-慢-快”的特点，可把种子萌发分为三个阶段：
（1）吸胀吸水阶段依赖原生质胶体吸胀作用的物理吸水。通过吸胀吸水，活种子中的原生质胶体由凝胶状态转变为溶胶状态，使那些原在干种子中结构被破坏的细胞器和不活化的高分子得到伸展与修复，表现出原有的结构和功能。
（2）缓慢吸水阶段经前阶段的快速吸水，原生质的水合程度趋向饱和，酶蛋白恢复活性，细胞中某些基因刚开始表达，转录成，mRNA，“’新生”的mRNA与原有“储备”的mRNA一起翻译与萌发有关的蛋白质，与此同时，酶促反应与呼吸作用增强，子叶或胚乳中的贮藏物质开始分解，转变成葡萄糖。氨基酸等可溶性化合物，可溶性的分解物运入胚后为胚的发育提供营养。
（3）生长吸水阶段在贮藏物质转化转运的基础上，胚根、胚芽中细胞的组成成分成合成旺盛，细胞吸水加强，胚细胞的生长与分裂引起种子外观可见的萌动，当胚根突破种皮时，新生器官生长加快，表现为种子的渗透吸水和鲜重的持续增加。
