（1）系统的生物构成特点，农业生态系统中最重要的生物品种是经人工驯化培育的农用生物，以及与之有关联的生物。
（2）系统的环境特点。农业生态系统的环境更多的受到人类的调控、改造、人类一方面通过工程措施，如建水库，另一方面通过生物措施和化学措施改变环境，如建防护林，施化肥等。
（3）系统的稳定性机制，农业生他系统中的自然调节稳定机制被消弱，代之以更多的人类调节控制。
（4）系统的开发程度。农业生态系统的结构比自然生态系统简单，便于人类管理，简化了的能量和物质流通途径使得系统趋向更加开放，有意识的输入。
（5）系统的生产力特点，农业生态系统的生产力常比同一区域内的自然…生态系统为高。
（6）系统服从的规律。农业生态系统由于受到人类活动的意向，不仅服从自然规律，而且还服从社会经济规律。
（7）系统的运行”目标”，生态系统演变的最终状态若称为系统运行“目标“的话，自然生态系统的”目标“是自然资源的最大限度生物利用，并使生物现存量达到最大。而农业生态系统的“目标”是使农业生产的有限自然与社会条件制约下，最大限度满足人类的生存，致富和持续发展的需要。
