（1）菌体的前处理：如在细菌中加入EDTA等；
（2）菌体生理状态：一般在对数生长期胞壁对酶最为敏感；
（3）酶的浓度：一般来说，在一定浓度范围内，原生质体形成率随酶浓度增加而提高，酶浓度过低不利于原生质体形成，但酶浓度过高则导致原生质体再胜率下降；以原生质体形成率和再生率之积达到最大时的酶浓度作为最适酶浓度；
（4）酶解温度：温度对酶解作用和原生质体的再生均发生重要影响，处理时的最适温度应考虑这两方面的结果，常用的酶解温度为20~40℃；
（5）酶解时间：酶解时间过短，原生质体形成不完全，影响融合；酶解时间过长，原生质膜受到损伤，会出现原生质球坡烈失活，再生率下降，影响融合；
（6）渗透压：等渗透压可免除原生质体的膨胀破裂，还有助于酶和底物的结合。
