艾美虫的生活史在同一个寄主的体内进行和完成，没有中间寄主，主要经过无性世代和有性世代。
无性世代即裂殖生殖：艾美虫感染是成熟的卵囊，随寄主的粪便排出体外，混入鱼的饲料种或落入池底，为另外一寄主吞食后即进入消化道。孢子体从孢子内出来后，离开卵囊进入肠腔。随着侵入肠粘膜的上皮细胞发育为圆形或者椭圆形的裂殖体。其胞核经过多次分裂产生大量子核，每个子核被一团细胞质包围，发育成为新月状的裂殖子。当寄主细胞被破坏时候，裂殖子被释放到肠腔，又重新感染一个新的细胞，重复上述的发育过程。由于这种的过程多次重复，使得寄主“自体感染”体内的寄生虫数量不断增加，从而引起寄主组织破坏，严重的可导致寄主死亡。
有性世代：
①配子生殖过程：虫体经过n次裂殖生殖之后开始有性过程，裂殖子种，有些重新进入上皮细胞后，产生性的分化，一部分裂殖子形成大配子母细胞，再发育为大配子；另外一部分裂殖子形成小配子母细胞，其胞核经过n次分裂形成许多细小而具有双鞭毛的小配子，小配子从细胞内出来进入肠腔，借鞭毛运动，找寻大配子，大小配子结合，形成合子，并分泌一层透明膜，包围合子形成卵囊。
②孢子形成：卵囊合子经过2次分裂，形成四个胞核，细胞质也分裂为四个原生质团，每个原生质团含有一个胞核，继而形成孢子母细胞，并分泌一层薄膜把自体包围，发育成为四个孢子，每个孢子粒再分裂一次，最后形成两个孢子，一个卵囊内有8个孢子体。参加形成孢子或者孢子体的原生质团，即通常成为卵囊残余体核孢子残余体。
