1、部长级会议。是世界贸易组织最高决策机构。由WTO所有成员的代表组成，至少每两年召开一次会议。部长级会议的职能是：（1）履行世贸组织的职能，并为此采取必要行动。（2）根据其成员的请求，在符合WTO协议和多边贸易协议决策程序的特别要求情况下，有权对多边贸易协定中任何协定下的任何事项作出决定。
2、总理事会。为WTO常设执行机构。由所有成员的代表组成，在部长级会议闭会期间履行部长会议的职能，批准各委员会的决议。总理事会也是WTO争端解决机构和贸易政策评审机构，它们根据不同的职权范围召开会议，在作为后两个机构履行职能时，由各自的主席领导，适用各自的规则程序。
3、分理事会。总理事会下设三个分理事会协助其工作，负责监督协议的实施。货物贸易理事会监督GATT（1994）及相关协议的运作；服务贸易理事会负责《服务贸易总协定》的实施；与贸易有关的知识产权理事会负责TRIPS协议的执行。分理事会成员资格向WTO所有成员的代表开放，并按履行职务需要召开会议。
4、专门委员会。WTO设有三类专门委员会，分别由相应的机构授权履行职务。第—类由部长级会议设立，包括贸易与发展委员会、国际收支限制委员会、预算、财政和行政委员会等，这些委员会履行WTO协定及总理事会授予的职能。第二类由总理事会设立于1995年和1996年分别设立了贸易与环境委员会和区域贸易安排委员会。还包括根据复边贸易协定设立的政府采购委员会、民用航空器委员会、国际奶制品委员会、国际肉类委员会，根据复边贸易协定设立的委员会有义务保持与总理事会沟通，使其了解它们活动的情况，但总理事会及WTO其它机构的权力对这些委员会无约束。第三类由分理事会设立，货物贸易理事会管理的所有货物贸易多边协定，除《装运前检验协议》外都设立了相应的委员会，监督各自协议的实施，服务贸易理事会已设立基础电信、自然人流动、海运服务、金融服务、职业服务谈判组随着这些具体服务部门协议的完成，将设立相应的专门委员会。
5、总干事和秘书处。世贸组织下设秘书处，由部长会议任命的总干事领导，总干事负责任命秘书处工作人员，总干事的职责、任职条件由部长会议制定的规则确定，总干事根据这些规则决定工作人员的资格。
