银行卡网上支付的原理与传统银行卡支付有相似之处：支付的参与者包括：具有WEB浏览器的客户、能处理银行卡业务并在网上服务的特约商户、为商户处理银行卡业务的商户开户行、发卡银行。银行卡网上支付的业务过程有三个阶段。
第一阶段完成客户网上购物：
客户访问商户网站，等到购物清单；
客户挑选所需商品，并用银行卡向商户支付；
商户业务服务器访问其开户行，通过银行网络向发卡行验证银行卡的合法性，并获得支付请求，银行完成认证后，通知商户购物过程是否继续进行；
商户通知客户业务是否已完成。
第二阶段完成从客户账户向商户账户的转账：
商户业务服务器访问其开户行，向银行提供购物收据；
商户开户行通过银行网络向发卡行发出划款指令，完成持卡人与商户之间的资金转移。
第三阶段由发卡行向持卡人发出所支付的款额清单。
