沼肥在施用中，要注意以下五点：
（1）忌出池后立即施用。沼肥的还原性强，出池后的沼肥若立即施用，会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎。因此，沼肥出池后，一般先在贮粪池中存放5～7天后施用；若与磷肥按10：1的比例混合堆沤5～7天后施用，则效果更佳。
（2）忌不兑水直接追施。治肥不兑水直接施在作物上，尤其是用于幼苗期追施，会使作物出现灼伤现象。沼肥作追肥时，要先兑水，一般兑水量为沼液的一半。
（3）忌表土撒施。沼肥施于旱地作物宜采用穴施、沟施，然后盖土。施用于水田应在耕翻前均匀施田面，然后犁翻入底层。
（4）忌过量施用。施用沼肥的量不能太多，一般要少于普通猪粪肥。若盲目大量施用，则会导致作物徒长，行间郁蔽，造成减产。
（5）忌与草木灰、石灰等碱性肥料混施。否则会造成氮肥的损失，降低肥效。
