优点：
一、具有潜移默化效果，比心理健康教育课及专题活动更为经济有效。
二、增强了各学科的魅力，易为学生接纳；大大拓展了学科课程的功能与目标，开阔了教师的视野。
三、是心理健康教育的全员性策略，心理健康教育成熟的标志即在于全体教师的“全体参与”。
缺点：
一、学科渗透目前尚处于启动阶段，相对而言，渗透模式较其他模式更难以操作。
二、长期以来，学科教育目标忽视甚至排斥心理健康教育目标，导致渗透模式中心理健康教育目标与学科教育目标会出现挤压、重叠现象。
三、各学科首先要完成自身任务，心理健康教育在其中只能处于辅助地位，因此，心理健康教育不能单靠学科渗透来完成，还需结合其他模式协同进行。
