光武帝时的尚书台规模颇大，结构严整，主要由以下官员部门组成：
1.尚书令，尚书台的的主官，直接对皇帝负责，总揽台务，相当于皇帝办公厅主任
2.尚书仆射，尚书令的副手，尚书令不在时由他代行其职
3.尚书左丞，负责台内纲纪，处理台内日常事务，相当于尚书台的秘书长
4.尚书右丞，掌管台内钱谷等后勤事务，相当于台内的事务长
5.尚书台下分设六曹理事，六曹主官分别为：三公曹尚书，掌管断狱之事的奏章；吏部曹尚书，掌管公卿的奏章；民曹尚书，掌管低级官吏的奏章；二千石曹尚书，掌管郡国二千石以上的官员的奏章；南主客曹尚书，掌管南方各外邦和少数民族的往来文书；北主客曹尚书，掌管北方各外邦和少数民族的往来文书；尚书台还从孝廉中选有才能者三十六人，配给每曹六人，称为尚书郎，在皇帝左右处理文书。每曹另辖有令史三名，掌管曹内文书事务
