治疗眼球穿通伤的基本原则是及时修复伤口，恢复眼球结构完整性，防治伤后感染和并发症。对小而整齐的角膜伤口，如无眼内组织嵌顿，前房存在，可不必缝合。但对大于3mm的伤口，应在显微手术条件下缝合。对合并眼内组织嵌顿的伤口，如在24h内，而且脱出的虹膜无明显污染时，可用抗生素溶液冲洗后还纳眼内。
如果污染严重或不能还纳时，应予剪除。晶状体和玻璃体脱出时可予切除。对于较复杂的眼球穿通伤可初期严密缝合伤口，恢复前房，控制感染。1～2周后再行内眼手术，处理外伤性白内障、玻璃体出血、眼内异物或视网膜脱离等。术后应滴用抗生素眼药水和抗炎药物，阿托品散瞳、结膜下注射抗生素和糖皮质激素。全身也应给予抗生素和糖皮质激素。
