特征：（1）甲藻多数为单细胞，少数为丝状或由单细胞连成的各种群体；（2）具2条顶生或腰生鞭毛，可以运动，因此通常被称为双鞭藻；（3）分为纵裂甲藻类和横裂甲藻类，纵裂甲藻类无横沟和纵沟，横列甲藻类有横沟和纵沟；（4）光合作用色素有叶绿素a、叶绿素c、胡萝卜素和4种叶黄素（环甲藻素、新甲藻素、甲藻黄素、硅甲藻素）；（5）贮存物质为淀粉或油滴；（6）最普遍的生殖是细胞分裂。
甲藻分为两个亚纲：（1）横裂甲藻亚纲：单细胞，细胞裸露或由一定数目板片组成细胞壁，鞭毛2条，腰生；（2）纵裂甲藻亚纲：单细胞，细胞壁由左右两瓣组成，鞭毛2条，顶生。
