北洋军阀政府国务院的秘书机构是中央政府的秘书机构，国务院的秘书机构主要是秘书厅。秘书厅还有以下人员：秘书，协助秘书长办理公务，佥事，掌官一般文书的撰拟和处理编纂记录、保管文件图籍、翻译文电、核对文稿、收发文件、处理庶务等；主事，辅助佥事分办各类事务，相当于科员；参议，主要是审议法令。
1916年7月29日公布的《公文程式》规定，凡处理公事的文件通称公文，确定的公文种类有大总统令、国务院令、各部院令、任命状、委任令、训令、指令、布告、咨、咨呈、呈、公函、批等文件。加强了盖印署名制度、副署制度、发文编号制度，完善了档案工作制度。
1913年1月9日，北洋政府公布了《秘书任用法草案》，规定“秘书”包括秘书长在内，均不得按《文官任用法》的规定任用，使秘书官吏的任用主要根据长官意志，由长官决定，这就助长了任人唯亲的风气。
