根据目前研究所知；影响远缘杂交亲和性的主要因素有：
（1）由于花粉和柱头识别；柱头分泌物抑制不亲和花粉；致使花粉在异种柱头上不能发芽。
（2）即使花粉在柱头上萌发；但连接柱头的传递组织抑制花粉管向柱头生长；使花粉管不能进入柱头。
（3）花粉管生长缓慢或花粉管太短；不能进入子房到达胚囊中。
（4）花粉管虽能进入子房；到达胚囊；但不能受精。
（5）受精后的幼胚不发育；或发育不正常；或发育中途停止。
（6）杂交种子的幼胚、胚乳和子房组织之间缺乏协调性；胚乳不能为杂种胚提供正常生长需的营养；影响杂种胚的发育。
